Los cultos sectarios son numerosos en la tradición hindú y suelen dividirse en cinco ramas (adoradores de Shiva, de Pârvatî, de Ganesha, de Vishnu y de Sûrya). Estas variedades tienen sus propias tradiciones, ritos, textos dogmáticos, maestros y lugares sagrados. Pero ha de hacerse énfasis en el hecho de que no son en absoluto excluyentes. La predilección de un devoto hindú por una de las formas de su dios es un hecho de importancia meramente estética: se adora a un dios o a un aspecto de éste por considerarse más atractivo, no por desdeñar el simbolismo de las otras deidades. El hindú no olvida nunca la noción de que todos los dioses son, en definitiva, el mismo.

Aunque algunos textos (principalmente los purâna) definen al dios al que están dedicados como más poderoso que los otros, incluyen multitud de mitos que tienden a reforzar la idea de una misma divinidad. Ejemplo sería la noción de Harahari, aspecto del dios Shiva en conjunción con el dios Vishnu, a quien se representa como un hombre dividido en dos mitades, la izquierda de color azul (representando a Vishnu) y la derecha de color blanco (representando a Shiva). Este aspecto sirvió en un momento histórico para evitar posibles disensiones entre shivaítas y vishnuitas. En el mismo Râmâyana, Râma, encarnación de Vishnu, es reverenciado por Shiva, encarnado en el dios-mono Hanumân, y adora a Shiva en forma de linga en el santuario de Râmeshvaram. Esta noción de dos dioses que se adoran mutuamente refuerza la noción de unicidad.

Las sectas de adoradores del dios Shiva reciben el calificativo general de shaiva, voz sánscrita que significa «relativo a Shiva». Este término incluye las tres primeras categorías antes citadas: 1) los que adoran al dios en sus diversas formas masculinas; 2) los devotos de la shakti o energía femenina del dios, representada por la diosa Pârvatî; 3) los adoradores de Ganesha, dios de la inteligencia e hijo de Shiva, cuyo simbolismo y tradiciones se incluyen lógicamente en esta rama de devoción.

Las sectas shivaítas son las más numerosas y el origen de muchas no está documentado debido a su antigüedad, aunque en su mayoría dichas sectas han llegado hasta nuestros días. Los textos shivaítas más importantes son los âgama, colecciones de tratados filosóficos y de prácticas religiosas anteriores a la tradición védica, que tratan de la relación de las almas con el dios Shiva, considerado en ellos como el principio supremo. La tradición enumera doscientos y son los verdaderos manuales del shivaísmo en lo que se refiere a creencias y ritual.

Una de las principales sectas es la de los pâshupata, adoradores del dios en su aspecto de Pashupati, «Señor de los animales». Subrayan la especial relación del hombre con la divinidad. En esta creencia se encuentran vestigios de cultos locales rendidos a divinidades del bosque. Dan gran importancia a la causa y al efecto. Adoran ocho imágenes del dios Shiva y se relacionan con el sistema de filosofía Nyâya, teniendo su propio sistema de evolución espiritual, denominado pashupatayoga.

Muy semejante es la denominada shaivasiddhânta («teoría shivaíta»), la forma más clásica y próspera de las sectas shivaítas y cuyas enseñanzas están tomadas del Lingapurâna y del Kûrmapurâna, antiguas colecciones de mitos. Una variedad de esta secta es la denominada lakulîsha, en honor de su fundador (Lakulî), y que consta de cuatro ramas. Según la leyenda el dios Shiva se encarnó como un hombre portador de un bastón o lakula, para proclamar él mismo su doctrina.

Destaca en número la llamada lingâyata («seguidores del falo»), extendida principalmente por el oeste y el sur de la India. Sus seguidores consideran a Shiva el único dios venerable y rechazan la autoridad de los Veda. Llevan siempre encima el símbolo fálico o linga, de madera, plata u oro, al que adoran separadamente del yoni o símbolo de la energía femenina. No aceptan el sistema de castas y tienen multitud de matha o monasterios. Sus fundadores fueron Ekorâma, Panditarâdhya, Revana, Marula y Vishvârâdhya, a quienes se considera sabios emanados de las cinco cabezas del dios Shiva. No obstante se sabe que todos ellos fueron contemporáneos de Basava, quien fue su principal promotor. Este vivió en el siglo XI. Se le considera encarnación de Nandî, el toro que es cabalgadura del dios Shiva. A los dieciséis años tiró el cordón sagrado o upavîta, que llevaba como símbolo de su casta de brahmán. Tuvo diversas experiencias que le afirmaron en su fe y le llevaron a hacer llegar el culto a todas las gentes, independientemente de su casta o sexo. De esta secta surgió más tarde una derivación, a la que se denomina âradhya.

Muy semejante a ella es la secta de los denominados vîrashaiva («shivaítas valientes»), que se caracteriza también porque sus miembros llevan un linga o símbolo fálico del dios Shiva, colgado del cuello. Suele ser de plata. Lo consideran más un símbolo de infinitud que fálico y es la representación más abstracta del Ser Supremo. Está más extendido por el estado de Karnâtaka. Su fundador fue Ekânta, también llamado Ramayya.

La secta de los kâpâlika («los del cráneo») se distingue porque sus miembros llevan collares de cráneos (kapâla) o mendigan con uno a guisa de cuenco para limosnas. Adoran al dios y a su consorte Pârvatî. Creen en la capacidad de obtener la liberación mediante la concentración en el yoni o símbolo de la matriz. Esta secta data del siglo VI. Como derivación de ella surge la de los kâlamukha («rostro negro»), que floreció en los estados de Tâmil Nâdû y Karnâtaka a partir del siglo VI. Se diferencian de los primeros en que no adoran al principio femenino de la divinidad. Otra variedad es la de los siddha («poderosos»), quienes creen que mediante la concentración en Shiva se puede obtener todo tipo de poderes sobre la materia.

Muchas de estas sectas casi no se separan de la ortodoxia, limitándose a hacer énfasis algún punto específico. Tal es el caso de la llamada abhedashaiva («shivaítas no diferenciadores»), que no establece diferencia entre el âtman o alma individual y el Brahman o alma suprema. Lo mismo puede decirse de los kânaphâta («orejas cortadas»), del norte de la India. Portan grandes pendientes en las orejas para distinguirse de otros, pero en sus doctrinas son seguidores meticulosos de las upanishad. Su principal representante fue el guru Gorakhanâtha, del siglo X, aunque también se atribuye este mérito a Âdinâtha. Fueron los que popularizaron el hathayoga.

En esta línea están los llamados dashanâmî («diez nombres»), seguidores de Shankarâchârya, y los jñânashaiva («shivaítas del conocimiento»), que hacen especial énfasis en la búsqueda del conocimiento en los textos sagrados.

Entre los que pueden considerarse realmente disidentes esta la secta denominada râseshvara («el dios de la esencia»), que mantiene que la liberación puede obtenerse mediante el sabio empleo del mercurio, metal que creen producido mediante la conjunción de Shiva y Pârvatî. Otro ejemplo sería la secta sittar, del estado de Tâmil Nâdû, del siglo XVI, que aceptó un monoteísmo libre de imágenes.

También surgen sectas que casi no difieren de la tradición ortodoxa en postulados filosóficos, sino únicamente en prácticas externas, como es el caso de los aughara («terribles», cuyos miembros injieren todo tipo de alimentos), los sarabhagî («experimentadores», que consideran su condición mendicante como el máximo exponente de religiosidad), los mahâvratadhara («de grandes ayunos», caracterizados por sus penitencias, que suponen en extremo meritorias) o los denominados kâpâlamukha («rostro de calavera», cuyos miembros creen que puede alcanzarse la liberación bebiendo en un cráneo, untándose con cenizas tomas de una pira funeraria y portando un bastón y una vasija de licor).

Dentro del culto a la shakti está la secta kaula, de adoradores de Kâlî, el aspecto destructor de Pârvatî. Son seguidores de los ritos denominados vâmamârga, el sendero izquierdo (forma de adoración del tantra con prácticas sexuales o utilización de drogas), donde se considera al mundo como una emanación de la energía femenina del dios. El dakshinamârga o sendero derecho (basado en la interpretación directa de los textos del tantra) incluye a la secta de los yonija («seguidores de la matriz»), adoradores del principio femenino de la divinidad, en forma de yoni, que aseguran que éste es de poder superior al linga.

La principal secta de adoradores del dios Ganesha se denomina gânapatya, término adjetival de Ganapati, epíteto del dios que significa «Señor de huestes». Otras sectas shivaítas a considerar son las siguientes: âdishaiva, aghorapantha, aikyavâdashaiva, anâdishaiva, antarashaiva, anushaiva, bhâgavata, bhedashaiva, kâlânana, kriyâshaiva, mahâshaiva, nâlupâda, nirgunashaiva, shuddhashaiva, ûrdhvashaiva y yogashaiva.